Счетная палата РФ совместно с региональными КСП провела проверку реализации федерального проекта «Оздоровление Волги» с общим объемом финансирования 204 млрд руб. до 2024 года и пришла к выводу, что нацпроект не решает задачу «устойчивого функционирования водохозяйственного комплекса реки». По мнению СП, органы власти в субъектах не были готовы к реализации мероприятий программы, не смогли вовремя подготовить проектно-сметную документацию на строительство очистных сооружений или не имели средств на это.
Как говорится в отчете Счетной палаты, мероприятия нацроекта и 72,6 % средств, в первую очередь, направлены на сокращение в три раза доли загрязненных сточных вод. Однако, по данным КСП, с 1990-х годов сброс объемов сточных вод снизился вдвое, но это не повлияло на качество воды: «Большинство водоемов бассейна Волги на протяжении десятилетий характеризуются как «загрязненные» и «грязные». Наиболее напряженная ситуация сложилась в бассейне реки Оки, главным образом в реке Москве и реке Клязьме. Одна из причин — значительный объем загрязняющих веществ, поступающий с диффузным стоком».
В бассейн Волги входят 40 субъектов, а в проекте участвуют 16. Как указали аудиторы, проектно-сметная документация (ПСД) на строительство очистных сооружений оказалась низкого качества, а отбор проектов проходил при «недостаточной готовности органов исполнительной власти субъектов РФ» к реализации мероприятий. В частности, не была разработана ПСД, не хватало средств на ее разработку. Так, например, по этой причине Нижегородская область исключила из программы семь очистных сооружений, которые планировала построить в 2019–2021 годах.